הרב מוהליבר בהנהגת חיבת ציון

בראשית שנת תרמ"ג רכש הרב מוהליבר את לב הברון רוטשילד למפעל ההתיישבות בארץ ישראל. כשנתיים לאחר מכן, בשנת תרמ"ה (1884) היה בין יוזמי "ועידת קטוביץ" – כינוס כללי ראשון של ראשי אגודות "חובבי ציון" ברוסיה. בוועידה נשא הרב מוהליבר נאום על תחיית "העצמות היבשות" ונבחר ליושב ראש של כבוד ול'זקן הצירים'. אחד החידושים שאפיינו את פעילותה של חיבת ציון על רקע מאפייניה של החברה היהודית ברוסיה באותם ימים, היה שיתוף הפעולה שהתקיים בה בין יהודים 'חרדים' ובין יהודים משכילים שאימצו אורח חיים חילוני. שני הבולטים שבמנהיגיה היו הרב שמואל מוהליבר וד"ר יהודה לייב פינסקר, שייצגו את שתי הקבוצות מהן הורכבה התנועה. הרב מוהליבר כמייצג הפלג הדתי סבר שבבסיס הלאומיות היהודית עומדים הערכים היהודיים הדתיים, ועל כן האמין כי על החברה המתחדשת בארץ ישראל לשמר אורח חיים דתי. חובבי ציון החופשיים, בראשות לילנבלום ופינסקר, סברו לעומתו שבסיס הלאומיות היהודית נשען על עבר היסטורי משותף, הכולל בין היתר את הדת, אך כי על החברה היהודית המתחדשת בארץ ישראל להשאיר את עניין שמירת המצוות להחלטת הפרט.

למרות הבדלי הגישות, שיתפו שני זרמים אלה פעולה להשגת המטרה המשותפת – יישובה של ארץ ישראל.^.  

בשנת תרמ"ז (1887) התכנסה הוועידה השנייה של "חובבי ציון" בעיר דרוזניק. שם נתגלע עימות חריף על הנהגת התנועה בין המשכילים והחרדים. הרב מוהליבר לא היה שבע רצון ממצב ההנהגה בתנועה. ובשנתיים הבאות העסיקו אותו ואת התנועה שתי בעיות מרכזיות: היחס לביל"ויים בגדרה ופולמוס השמיטה. (ראו בפוסטים 'הרב מוהליבר ופולמוס גדרה' ו'הרב מוהליבר ופולמוס השמיטה' )

בשנת תרמ"ט (1889) התכנסה הוועידה השלישית של "חובבי ציון" בעיר וילנה. עם פרישתו של י"ל פינסקר מהנהגת התנועה, נבחר הרב מוהליבר לעמוד בראש תנועת "חיבת ציון". בשנת תר"ן (1890) יצא הרב מוהליבר בראש משלחת גדולה וחשובה של חובבי ציון לבדוק את מצב המושבות הראשונות וליישב את ההדורים בין אנשי היישוב הישן ובין אנשי המושבות. מסע זה הוכתר בהצלחה והצמיח תמורות חדשות בתולדות העם. (ראו בפוסט 'מסעו של הרב מוהליבר בראש משלחת חובבי ציון לארץ ישראל' ) 

בשנת תרנ"א (1891), על רקע חידוש גזרות השלטון התורכי להגבלת עליית יהודים לארץ ישראל יצא הרב מוהליבר בראש משלחת לארצות מערב אירופה: גרמניה, צרפת ובריטניה כדי לטכס עצה איך לבטל את הגזרות. בועידת פריז הוחלט על הקמת מרכז עולמי לתנועת חיבת ציון שאחת ממטרותיו הראשיות היה לפעול מול הממשל התורכי לביטול הגזרות. כן נדון נושא הקמת בנק יהודי שיסייע להתיישבות בארץ ישראל.

בשנת תרנ"ד, במסגרת חגיגות יובל השבעים של הרב שנערכו בכל קהילות ישראל, החליטו "חובבי ציון" כי גן אתרוגים שעתיד להינטע בארץ ייקרא "גן שמואל" על שמו, וזאת כאמצעי ומנוף לגיוס כספים למען חיזוק היישוב היהודי בארץ. לימים, הוקם בסמוך לגן האתרוגים קיבוץ גן שמואל.