פטירתו של הרב מוהליבר בשנת תרנ"ח (1898) והעלאת עצמותיו לארץ ישראל בשנת תשנ"ב (1991)

בשנת תרנ"ח (1898), יומיים לפני פטירתו בעת היותו עסוק בהכנות להקמת "בנק אוצר ההתיישבות", כתב הרב מוהליבר מנשר שפורסם על ידי המזרח"י הנחשב כצוואתו של הרב מוהליבר, ובסיומו נכתב: "כן, אחים נכבדים! עבודה רבה לפנינו, ועלינו לעבוד ולעבוד בלי לאות ובלי הרף, עלינו לעבוד שכם אחד בלי פרוד, באהבה גמורה ובאחדות שלמה"

הרב מוהליבר נפטר בביאליסטוק בי"ט בסיוון תרנ"ח. בלוויתו השתתפו עשרות אלפי אנשים מכל שדרות העם ובהם גם כאלה שהתנגדו לפעילותו הציונית כדוגמת ר' חיים מבריסק. על קברו נבנה ”אוהל“ שנותץ במהלך השואה. מקום הקבורה נתגלה מחדש בשנת תשנ"א (1991). 

משהגיעה הבשורה על גילוי יסודות האהל, חברו יחד מספר גורמים בשיתוף המועצה המקומית מזכרת בתיה והוציאו לפועל את מבצע העלאת עצמותיו של הרב מוהליבר ארצה. 

בלוייה המחודשת להטמנת עצמות הרב מוהליבר במזכרת בתיה בג' בכסלו תשנ"ב במעמד הרבנים הראשיים אמר שר החינוך דאז זבולון המר:

"ויפה עשו ראשי מזכרת בתיה שעמלו ויזמו להעלות את עצמותיו לכאן, יפה מאוד עשו. היום כולנו כאן גומלים חסד של אמת לאחד מגדולי האומה שלנו.  מי שקרא לעם היהודי של ימיו את חזון העצמות היבשות, עצמותיו באו לכאן…חזונו הגדול של הרב מוהליבר שבימיו זה היה חלום דמיוני הפך בימינו למציאות של ארץ ישראל פורחת…ובמציאות הזו היום הוא מוצא את מנוחתו הנכונה מנוחת עולמים.  וביום זה משיבה האומה תודה לאחד מבחירי בניה ומנהיגיה שהקדיש את מיטב חייו ומרצו להיטיב לעם היהודי ולכוונו לציון". 

כמחצית השנה לאחר מכן, בי"ט בסיון שנת תשנ"ב נחנך "אוהל" הרב מוהליבר, ששוחזר על פי תמונה שהשתמרה אצל דוד בגון חניך תנועת "השומר הדתי" שצולם בילדותו עם חבריו לתנועה בסמוך לאוהל. 

במעמד חנוכת האוהל חתם הרב מרדכי אליהו זצ"ל את דבריו: "כולם צריכים להפוך את היום הזה יום פטירתו ליום קדוש לקדושת ארץ ישראל… שיבואו לכאן תלמידים, שיבואו לכאן רבנים, שיבואו לכאן ראשי ישיבות, לעלות לקיברו, להעלות זיכרו, אולי נלמד ותדבק בנו מידה אחת ממידותיו".

בשנת תשס"ט (2009), נחנך במזכרת בתיה מוזיאון הרב מוהליבר.